各二级单位，机关及直属各部门：

上海市科委发布《2025年度关键技术研发计划“计算生物学”申报指南的通知》。具体通知如下：

一、征集范围

专题一、生物大数据共性算法

方向1、基因组大数据智能分析算法

研究目标：建立基因组大数据分析的理论体系，发展独立自主的基因组大数据挖掘算法及软件，性能相比国际主流算法提升10%以上。

研究内容：面向人类基因组学大数据，建立个体基因组局部祖源推断的深度学习模型，发展人群和个体遗传本源推断的生成式人工智能算法，重构遗传本源的时空网络，揭示高度人口流动社会的遗传结构动态演化过程。

执行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。

经费额度：非定额资助，拟支持不超过1个项目，每项资助额度不超过150万元。

方向2、微生物组学智能分析算法

研究目标：发展独立自主的微生物组学分析算法，相比领域内主流算法，表型关联的核心菌群和驱动因子识别等算法的性能提升10%以上。

研究内容：开发微生物组学数据分析挖掘的人工智能算法，完善微生物基因目录和蛋白组成，建立健康人群微生物组学数据模拟器，开发微生物-微生物和宿主-微生物互作模型，动态预测微生物变化及其影响，揭示并验证微生物与宿主表型关联及其因果关系。

执行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。

经费额度：非定额资助，拟支持不超过1个项目，每项资助额度不超过150万元。

方向3、多模态空间组学数据整合算法

研究目标：开发多模态、跨样本空间组学数据整合算法，精准解析特定生理病理过程中的细胞时空演化规律，性能相比国际主流算法提升10%以上。

研究内容：发展空间多模态组学数据增强、跨模态对齐与生成、空间网络解析的智能算法，实现数据的有效降噪、整合，构建基因调控网络及细胞通讯网络，解析肿瘤等疾病的时空演化机制，揭示肿瘤耐药等过程关键的空间结构及多细胞互作靶点。

执行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。

经费额度：非定额资助，拟支持不超过1个项目，每项资助额度不超过150万元。

 方向4、生命系统调控理论与算法

研究目标：发展细胞命运和生命节律等生命过程调控的动力学模型和定量理论，揭示复杂生命系统的调控策略，性能相比国际主流算法提升10%以上。

研究内容：面向生命节律和细胞命运等复杂生命过程，发展定性和定量的普适理论，建立生命过程调控的动力学模型，揭示生命过程的重要调控因素和机制，发现生命系统调控的重要靶点，并在睡眠障碍等疾病诊疗中进行应用。

执行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。

经费额度：非定额资助，拟支持不超过1个项目，每项资助额度不超过150万元。

 专题二、蛋白质设计改造

方向1、蛋白质复合物动态结构模拟

 专题三、AI药物发现

方向1、高药效药物设计方法开发与应用

方向2、靶向蛋白药物设计方法开发与应用

方向3、高效活体药物筛选的定量算法开发和应用

研究目标：开发活体成像技术和活体药物筛选系统，提升药物与活体动物动态行为表型的实时追踪和关系解析能力，发现2个以上候选小分子药物，获得动物水平有效性评价报告。

研究内容：开发高时空分辨动物活体成像技术，建立表型药物快速筛选体系，构建涵盖不同药物作用下的多参数动物表型数据库，发展基于活体表型的药效AI预测模型，发现具有高成药性的候选小分子药物。

执行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。

经费额度：非定额资助，拟支持不超过1个项目，每项资助额度不超过250万元。

申报主体要求:本市企业，或本市高校、科研院所联合本市企业共同申报（须扫描上传正式合作协议）。

方向4、中药药物筛选方法开发与应用

研究目标：构建多模态中药知识图谱，研发中医辨证与网络药理学融合的可解释推理模型，阐明2种以上中药组方的多维效应机制，获得动物水平有效性评价报告。

研究内容：建立融合中医辨证论治和网络药理学的多模态中医药知识图谱，开发“症状-化学成分-网络靶标-通路-病证效应”的可解释推理模型，实现中药组方的多成分、多靶点、多通路的多维药效机理的阐释，并在动物水平开展验证评价。

执行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。

经费额度：非定额资助，拟支持不超过1个项目，每项资助额度不超过250万元。

申报主体要求:本市企业，或本市高校、科研院所联合本市企业共同申报（须扫描上传正式合作协议）。

专题四、临床应用技术

方向1、传染病大模型构建与应用

研究目标：建立多模态数据驱动的传染病大模型，提升重大传染病的防控能力，实现对新发突发和重大传染病防控的辅助决策，并通过预警准确、溯源一致等量化指标进行效能评价。

研究内容：挖掘传染病关联的基因组学、影像学、临床数据等多模态数据之间的潜在联系，抽取医学先验知识中的逻辑规则，构建高质量传染病数据集，开发具备强泛化性和可解释性的知识推理传染病大模型，实现传染病风险识别、流调甄别、基因溯源和人群风险管理等场景的深度应用。

执行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。

经费额度：非定额资助，拟支持不超过1个项目，每项资助额度不超过200万元。

方向2、眼科大模型构建与应用

研究目标：开发大模型知识推理算法，构建多模态眼科大模型，实现大模型辅助下的慢病精准筛查，在5家以上社区推广应用。

研究内容：建立多模态数据编码、融合与对齐框架，探索慢性肾病、心脑血管等疾病在眼底数据中的表征机制，构建应用于慢病精准推理大模型，为患者提供个性化、全方位的健康评估方案，推进社区慢病智能筛查的普及。

执行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。

经费额度：非定额资助，拟支持不超过1个项目，每项资助额度不超过200万元。

 方向3、儿童白血病精准诊疗技术开发与应用

 专题五、前瞻性技术

方向1、虚拟细胞技术开发

方向2、AI赋能类器官技术开发

研究目标：面向人类疾病建模、药物筛选等应用场景，建立重大疾病的类器官构建技术，构建疾病特异性的类器官体系和体外药物筛选系统。

研究内容：通过整合类器官的多组学和空间转录组等数据，解析患者个体化类器官细胞发育谱系，实现药物新靶点的自动化发现；开发基于类器官的体外筛药系统，建立个体化治疗的药物筛选策略，提高类器官技术在药物筛选、疾病机理研究等领域的应用水平。

执行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。

经费额度：非定额资助，拟支持不超过2个项目，每项资助额度不超过200万元。

 二、申报方式

1.项目申报采用网上申报方式，无需送交纸质材料。请申请人通过“上海市科技管理信息系统”（svc.stcsm.sh.gov.cn）进入“项目申报”，进行网上填报，由申报单位对填报内容进行网上审核后提交。【初次填写】使用“一网通办”登录（如尚未注册账号，请先转入“一网通办”注册账号页面完成注册），进入申报指南页面，点击相应的指南专题，进行项目申报；【继续填写】使用“一网通办”登录后，继续该项目的填报。

2.每个方向限额申报1项，请各二级单位于4月12日11点前提交本部门预申报清单，学校根据申报情况择优上报。

科研处

2025年3月25日